Bảo tàng bao gồm 7 phòng ban.[2]

• Nhà Copernicus
• Dom Eskenów
• Bảo tàng Twierdzy Toruń (theo kế hoạch) [3]
• Bảo tàng Toruń Gingerbread
• Ngôi nhà dưới ngôi sao
• Tòa thị chính cũ
  • Kho báu của Skrwilno và Nieszawa
  • Phòng xử án (thế kỷ XVI-XVII)
  • Phòng nghệ thuật gothic (hội họa, điêu khắc)
  • Old Torun: Lịch sử và Thủ công (từ 1233 đến 1793)
  • Nghệ thuật Sacral của Toruń hiện đại
  • Phòng Mieszczańska với một trong những bức chân dung sớm nhất của Nicolaus Copernicus
  • Hội trường Hoàng gia
  • Phòng trưng bày nghệ thuật Ba Lan
  • Phòng trưng bày nghệ thuật Ba Lan (sau năm 1945)
  • Militaria (từ thời cổ đại đến thế kỷ XX)
  • Triển lãm khảo cổ (từ năm 1100 trước Công nguyên đến năm 1300 trước Công nguyên)
  • Triển lãm tạm thời
• Số 9 đường Franciszkańska (Bảo tàng Tony Halik)

• Nơi sinh của Copernicus (ul. Kopernika 15, trái). Cùng với ngôi nhà lúc không. 17 (phải), nó tạo thành Muzeum Mikołaja Kopernika
• Tòa thị chính cũ, Rynek Staromiejski 1
• Kamienica Pod Gwiazdą, Rynek Staromiejski 35
• Dom Eskenów,
  Łazienna 16
• Bảo tàng Tony Halik, Đức Phanxicô 9/11
• Bảo tàng Toruń Gingerbread, Strumykowa 4